महाराजांनी देशमुखी, वतनदारी, मिरासदारी, मक्तेदारी समूळ नष्ट केली नाही. (त्या काळात ते शक्य आणि व्यवहार्यही नव्हते), पण त्याला परिणामकारक आळा मात्र नक्की घातला. सतराव्या शतकात जगभर जवळजवळ सगळीकडे ही प्रतिगामी व्यवस्था दृढमूल झालेली असताना महाराज एका पुरोगामी व्यवस्थेसाठी प्रवाहाच्या एकदम उलटे पोहतात, तेही वयाच्या विशीच्या आत, हे अलौकिकच म्हटले पाहिजे.
पुणे जहागिरीची व्यवस्था पाहण्यासाठी शहाजीराजांनी जिजाऊसाहेब व छोटे शिवाजीराजे यांना बंगलोरहून पुण्याला पाठवले. दादाजी कोंडदेव हे त्यांचे मुख्य कारभारी होते. आल्या आल्या त्यांनी आर्थिक बदलास प्रारंभ केला. दादाजींनी पहिली गोष्ट केली, ती म्हणजे रयत आणि राजे यांचा थेट संबंध प्रस्थापित केला. असा संबंध नसणे हेच जुन्या अर्थव्यवस्थेचे दुखणे होते. दादाजी छोटया शिवाजीराजांना घेऊन सबंध जहागिरीत हिंडले. भोवतालची बारा मावळेही त्यांनी पालथी घातली. जमिनीची पाहणी व मोजणी केली. तिची प्रतवारीही केली. त्यानंतर त्यांनी किती सारा मिळू शकेल याचा अंदाज घेतला. सुरुवातीची काही वर्षे त्यांनी सारामाफीच जाहीर केली. त्यामुळे आपल्याला आपल्या कष्टाचे फळ मिळेल अशी शेतकऱ्यांना खात्री वाटू लागली. त्यामुळे ते शेतावर परत राबू लागले. ओस पडलेली गावे परत गजबजली. निजामशाहीत तिथला चतुर अधिकारी साबाजी अनंत ह्याने असा अपवादात्मक प्रयोग केला होता. वऱ्हाडात असे प्रयोग यशस्वी झाले होते. दादाजींनी ते अभ्यासले असल्याने पुण्यात त्यांनी ते लगेच करून पाहिले.
शिवबांना पुण्याला पाठवतानाच शहाजीराजांनी त्यांच्या दिमतीला 1 हजारांची पागा दिली होती. त्याशिवाय दादाजींनी इथल्या मावळयांच्या बिनकवायती पलटणी तयार केल्या होत्या. सैन्यबळाशिवाय आर्थिक व्यवस्था बसवणे त्या काळात शक्यच नव्हते. रयतेशी शिवाजीराजांचा थेट संबंध जोडणे ह्याचा अर्थ, देशमुख, पाटील, कुलकर्णी यांची सत्ता अथवा मक्तेदारी तोडणे अथवा कमी करणे असाच होता. त्याला सुखासुखी कोणीच तयार होणार नव्हते. दादाजींनी व शिवाजीराजांनी ह्या सर्व मोकासेदारांना, मक्तेदारांना लष्करी बळावर नमवले आणि मगच पुढील सुधारणा केल्या. मिरासदार, मक्तेदार, तर्फदार यांच्या साखळीमुळे रयत अक्षरशः नागवली जात असे. त्याच्यामुळे रयतेला कशाचीही शाश्वती वाटत नसे. लोक मुख्यतः शेती करणे टाळत. कारण शेतकऱ्यांनी काही महिने खपून पिकवलेले शेत हे मोकासेदारच सुगीच्या वेळी येऊन कापून नेत किंवा नासधूस करत. दादाजींनी, जिजाऊसाहेबांनी व शिवाजीराजांनी आवश्यक वाटल्यास दहशतीने व पुढे सौजन्याने अनेक देशमुखांना वश करून घेतले आणि रयतेला निर्भय केले. तिच्या जीविताची, वित्ताची, अब्रूची शाश्वती निर्माण केली. त्यामुळे दहा वर्षांतच जहागिरीची भरभराट झाली आणि वसूल वाढला.
'शहाजीराजे यांनी दाजीपंतास व राजांस पुणेस रवाना केले. ते पुण्यास आले. बारा मावळे काबीज केली. मावळे देशमुख बांधून दस्त (अटक करणे, पकडणे) करून पुंड होते त्यास मारिले. पुढे शिवाजीराजे कारभार करीत चालले.' - सभासद.
महाराजांनी दादाजींच्या मृत्यूनंतर (1647) सर्व कामकाज स्वतःच पाहण्यास सुरुवात केली, पण धोरण तेच ठेवले. या अर्थव्यवस्थेचे पहिले लक्षण म्हणजे त्या मुलखात माजलेले पूर्वीचे अराजक नष्ट करणे, तेथील अंदाधुंदी मोडून काढून शेतकरी, कष्टकरी यांना दिलासा देणे व शेतीचा, कारागिरीचा उद्योग करायला प्रोत्साहन देणे हे होते. तसे केल्यानेच मुलुख समृध्द होतो हे दादाजींनी सिध्द केलेच होते.
सुरुवात सलोख्यातूनच - वतनदार, देशमुख ह्यांच्याशी महाराजांचे बोलणे सुरुवातीला सलोख्याचे, समजुतीचेच असे. ही सगळी आपलीच माणसे आहेत, परिस्थितीवश काही चुका त्यांच्याकडून होत आहेत, हे समजून घेऊन ते त्यांच्याशी स्वतःची वागणूक ठेवत. काही जणांबाबत त्यांचे हे धोरण यशस्वी ठरले. उदा. बाजी पासलकर, कान्होजी, जेधे, फिंरंगोजी नरसाळा इ. पण काही जणांवर ही मात्रा अजिबात चालली नाही. उदा. मुधोळकर घोरपडे, जावळीचे मोरे, संभाजीराजे मोहिते इ. त्यांपैकी घोरपडे व मोहिते हे तर महाराजांचे नातेवाईकच होते! तरीही तिथे त्यांना कठोर संघर्षच करावा लागला. गोडीगुलाबीने आणि सक्तीने त्यांनी सर्वप्रथम बारा मावळे आपल्या कब्जात आणली आणि तिथे त्यांना अभिप्रेत असलेली नवी व्यवस्था बसवली.
'राजीयानी देश काबीज करून हुडे, वाडे, कोट पाडिले. नामांकित कोट जाहला तेथे आपले ठाणे नेमिले आणि मिरासदारांचे हाती नाहीसे केले. असे करून मिरासदार इनाम इजारतीने मनास मानेसारखे आपण घेत होते (त्यांची मनमानी चालली होती) ते सर्व अनामत करून (जप्त करून) जमीनदारास नक्त व गला गाव बघून देशमुखास व देशकुलकर्णी यास व पाटील, कुलकर्णी यास हक्क बांधून दिले. जमीनदारांनी वाडा बुरूजांचा बांधो नये. (लष्करीदृष्टया प्रबळ होऊ नये) घर बांधोन राहावे ऐसा मुलकाचा बंदोबस्त केला.' - सभासद.
यानंतर पुढच्या काळातही जेव्हा महाराज कोणताही मुलुख काबीज करत, तेव्हा तेव्हा तिथे असाच बंदोबस्त करीत. दक्षिणदिग्विजयानंतर कर्नाटकासारख्या लांबच्या मुलखातही त्यांनी असेच धोरण ठेवले. त्यातून धोरणसातत्य चांगले व्यक्त होते, तसेच महाराजांची ही नवी व्यवस्था काळाच्या कसोटीवर टिकणारी होती, हेही सिध्द होते.
महाराजांनी देशमुखी, वतनदारी, मिरासदारी, मक्तेदारी समूळ नष्ट केली नाही. (त्या काळात ते शक्य आणि व्यवहार्यही नव्हते), पण त्याला परिणामकारक आळा मात्र नक्की घातला. सतराव्या शतकात जगभर जवळजवळ सगळीकडे ही प्रतिगामी व्यवस्था दृढमूल झालेली असताना महाराज एका पुरोगामी व्यवस्थेसाठी प्रवाहाच्या एकदम उलटे पोहतात, तेही वयाच्या विशीच्या आत, हे अलौकिकच म्हटले पाहिजे.
आर्थिक सुधारणांच्या जोडीला महाराजांनी सामाजिक सुरक्षेसाठी न्यायव्यवस्थेलाही बळकटी दिली होती. उदा., रांझ्याच्या पाटलाला बदअमलासाठी दोन्ही हात पाय तोडून टाकण्याची शिक्षा दिली. त्या वेळी त्यांचे स्वतःचे वय पूर्ण 15 वर्षेसुध्दा नव्हते. मात्र सर्व न्यायनिवाडे स्वतः करणे शक्य नसल्याने त्यांनी गोतसभा, देशक ह्यांनाही नव्याने बळ दिले.
पारंपरिकरीत्या दृढ झालेली 'वतनदारी' आणि महाराज आणू इच्छित असलेली 'वेतनदारी' ह्यामध्ये केवळ एका मात्रेचा फरक होता, पण तो युगप्रवर्तक ठरेल एवढा मोठा आणि महत्त्वाचा होता.
ग्राामसंस्थांचे महत्त्व पुन्हा वाढवले - नवीन आर्थिक घडी बसवण्यासाठी महाराजांनी पारंपरिक ग्राामसंस्थांचे महत्त्व पुन्हा वाढवायला सुरुवात केली. मुस्लीम अंमलात या संस्था टिकून असल्या, तरी त्या पूर्णपणे निष्प्रभ झाल्या होत्या. देशमुख, देशपांडे, देशकुलकर्णी हे नको तितके प्रबळ झाले होते. त्यांच्यातलेच काही बादशहाचे/सुलतानांचे सरदारही झाले होते. त्यामुळे ग्राामपंचायतींचे/गोत सभांचे त्यांच्यापुढे काहीही चालत नसे. शिवाय या सभांच्या हुकमांची अंमलबजावणी बादशाही/ सुलतानी अधिकाऱ्यांमार्फतच होत असल्याने त्या हुकमांना आणि ग्राामसभांच्या कारभाराला व्यवहारात काही अर्थ उरलेला नव्हता. महाराजांनी प्राचीन काळच्या ह्या ग्राामसंस्थांना तो अधिकार पुन्हा प्राप्त करून दिला. तो कसा, हे आपण पुढील लेखांमध्ये पाहू.